O DCIAP desenvolve diligências processuais em todo o território nacional e embora a sua intervenção primordial seja junto do Tribunal Central de Instrução Criminal, os seus magistrados podem representar o Ministério Publico em qualquer outro tribunal de Instrução criminal das vinte e três comarcas do país. Isto ocorre nos casos em que a direção do inquérito não compete originariamente ao DCIAP, mas tal competência é-lhe atribuída por despacho do Procurador-Geral da República, quando, relativamente a crimes de manifesta gravidade, a especial complexidade ou dispersão territorial da atividade criminosa justificarem a direção concentrada da investigação.