Não obstante a entrada em vigor do Protocolo e do Acordo de Adesão se ter verificado em 1 de Março de 1994, em conformidade com a Declaração Comum Relativa ao Artigo 139.º da Convenção do Acordo de Schengen, as disposições da Convenção de Aplicação do Acordo de Schengen que não sejam relativas à criação, às actividades e à competência do Comité Executivo só se tornaram aplicáveis a partir de 26 de Março de 1995
Através da Lei n.º 2/94, de 19 de Fevereiro, foram estabelecidos os mecanismos de controlo e fiscalização do Sistema de Informação Schengen.

As disposições do título III, capítulo IV da Convenção de Aplicação do Acordo Schengen, foram substitídas pelas disposições correspondentes da Decisão-Quadro do Conselho de 13 de Junho de 2002, relativa ao mandado de detenção europeu e aos processos de entrega entre os Estados-Membros, a partir de 1 de Janeiro de 2004.