As funções do DCIAP dirigem-se à luta contra a criminalidade violenta, altamente organizada ou de especial complexidade, mediante intervenção em três vertentes: prevenção criminal, direção da investigação da criminalidade de natureza transdistrital (dispersão territorial) e coordenação da direção da investigação a nível nacional (desconcentração dos poderes hierárquicos de coordenação).

Compete ao Departamento Central de Investigação e Ação Penal garantir uma execução articulada das diligências rogadas, quando a extensão do pedido rogado aponte no sentido da dispersão territorial dos atos a praticar e estejam em causa infrações criminais especialmente graves e complexas.