As funções do DCIAP dirigem-se à luta contra a criminalidade violenta, altamente organizada ou de especial complexidade, mediante intervenção em três vertentes: prevenção criminal, direção da investigação da criminalidade de natureza transdistrital (dispersão territorial) e coordenação da direção da investigação a nível nacional (desconcentração dos poderes hierárquicos de coordenação).

Compete ao Departamento Central de Investigação e Ação Penal realizar as ações de prevenção relativamente aos seguintes crimes:

   Branqueamento e financiamento do terrorismo;

   Corrupção, peculato e participação económica em negócio;

   Administração danosa em unidade económica do sector público;

   Fraude na obtenção ou desvio de subsídio, subvenção ou crédito;

   Infrações económico-financeiras cometidas de forma organizada, com recurso à tecnologia informática;

   Infrações económico-financeiras de dimensão internacional ou transnacional

Compete ao DCIAP, no âmbito da prevenção do branqueamento e do financiamento do terrorismo (conforme às Diretivas n.^os 2005/60/CE, do Parlamento Europeu e do Conselho, de 26 de outubro, e 2006/70/CE da Comissão, de 1 de agosto) receber e analisar as comunicações de operações suscetíveis de configurar a prática do crime de branqueamento ou de financiamento do terrorismo que as entidades sujeitas lhe devem enviar (simultaneamente com a Unidade de Informação Financeira da Polícia Judiciária) e, se for acaso disso, determinar a suspensão da execução da operação suspeita notificando, para o efeito, a entidade sujeita.

Subsequentemente, o DCIAP pode determinar, conforme os casos, o prosseguimento de investigação sob outras formas processuais, seja mediante a realização de averiguação preventiva ou determinando a abertura de inquérito.

Compete também ao DCIAP a iniciativa da realização de ações encobertas no âmbito da prevenção criminal.