As funções do DCIAP dirigem-se à luta contra a criminalidade violenta, altamente organizada ou de especial complexidade, mediante intervenção em três vertentes: prevenção criminal, direção da investigação da criminalidade de natureza transdistrital (dispersão territorial) e coordenação da direção da investigação a nível nacional (desconcentração dos poderes hierárquicos de coordenação).
Direção da investigação criminal
Compete ao Departamento Central de Investigação e Ação Penal dirigir o inquérito e exercer a ação penal:
a) Relativamente aos crimes do catálogo, quando a atividade criminosa ocorrer em comarcas pertencentes a diferentes distritos judiciais;
Contra a paz e a humanidade;
Organização terrorista e terrorismo;
Contra a segurança do Estado, com exceção dos crimes eleitorais;
Tráfico de estupefacientes, substâncias psicotrópicas e precursores, salvo tratando-se de situações de distribuição direta ao consumidor, e associação criminosa para o tráfico;
Branqueamento de capitais;
Corrupção, peculato e participação económica em negócio;
Insolvência dolosa;
Administração danosa em unidade económica do sector público;
Fraude na obtenção ou desvio de subsídio, subvenção ou crédito;
Infrações económico-financeiras cometidas de forma organizada, nomeadamente com recurso à tecnologia informática;
Infrações económico-financeiras de dimensão internacional ou transnacional.
b) Precedendo despacho do Procurador-Geral da República, quando, relativamente a crimes de manifesta gravidade, a especial complexidade ou dispersão territorial da atividade criminosa justificarem a direção concentrada da investigação.