As funções do DCIAP dirigem-se à luta contra a criminalidade violenta, altamente organizada ou de especial complexidade, mediante intervenção em três vertentes: prevenção criminal, direção da investigação da criminalidade de natureza transdistrital (dispersão territorial) e coordenação da direção da investigação a nível nacional (desconcentração dos poderes hierárquicos de coordenação). 

Direção da investigação criminal

Compete ao Departamento Central de Investigação e Ação Penal dirigir o inquérito e exercer a ação penal:

a) Relativamente aos crimes do catálogo, quando a atividade criminosa ocorrer em comarcas pertencentes a diferentes distritos judiciais;

   Contra a paz e a humanidade;

   Organização terrorista e terrorismo;

   Contra a segurança do Estado, com exceção dos crimes eleitorais;

   Tráfico de estupefacientes, substâncias psicotrópicas e precursores, salvo tratando-se de situações de distribuição direta ao consumidor, e associação criminosa para o tráfico;

   Branqueamento de capitais;

   Corrupção, peculato e participação económica em negócio;

   Insolvência dolosa;

   Administração danosa em unidade económica do sector público;

   Fraude na obtenção ou desvio de subsídio, subvenção ou crédito;

   Infrações económico-financeiras cometidas de forma organizada, nomeadamente com recurso à tecnologia informática;

  Infrações económico-financeiras de dimensão internacional ou transnacional.

b) Precedendo despacho do Procurador-Geral da República, quando, relativamente a crimes de manifesta gravidade, a especial complexidade ou dispersão territorial da atividade criminosa justificarem a direção concentrada da investigação.